Німецькі війська вступили в місто 24 жовтня 1941 року. Вже 5 грудня почався перепис населення міста, причому євреїв вносили до особливих списків. 14 грудня 1941 року за наказом військового коменданта міста генерала Путкамера всіх євреїв в дводенний термін зобов'язали переселитися в район ХТЗ. У робочих бараках, що залишилися після будівництва заводу, було організовано єврейське гетто. Щодня з гетто виводили групи по 250—300 чоловік, які прямували на розстріл в Дробицький Яр. Вже на початку 1942 року харківське гетто припинило своє існування. Також в яру розстрілювали полонених червоноармійців і психічно хворих людей. Всього ж, за даними Державного архиву Харківської області, було розстріляно близько 16 — 20 тисяч чоловік.

В 1991 року оргкомітет «Дробицький Яр» запропонував побудувати на 9 гектарах Меморіал жертв фашистського геноциду. Через нестачу коштів будівництво поновилося тільки в 2000 році і 13 грудня 2002 року була відкрита перша черга меморіалу. Насамперед увійшов знак мінору, автодорога до меморіального комплексу, алея і пам'ятник-монумент. 22 серпня 2005 року на меморіалі жертвам нацизму відкрився траурний зал з Чашею скорботи.